2009年6月21日凌晨三点，约150辆武警运兵车从东方大道等方向朝永隆大酒店方向开进，清场行动正式开始，截至20日晚间，到达石首的武警达八千人左右，据传石首市周边地区还有一万名军人待命防范，石首市机关事业单位的工作人员也被组织起来设卡堵截市民向事发地点聚集。
目前石首与外界的交通被断绝，6月20日下午，从武汉等地赶往石首的声援者难以进入石首，许多境外媒体记者也被阻挡在石首城外，部分声援者正在设法绕道进入。
6月21日凌晨三点的清场行动有装甲车辆参加，武警大多手持木棍，部分武警手持钢棍，少量武警持枪。据现场目击者称，参加清场的武警并非进驻石首的武警部队的全部人员。
因为预计凌晨会有清场行动，超过两万名石首市民不顾政府禁令涌上街头，以保护涂远高尸体不被官方抢走。清场前几小时，部分街道路灯曾经熄灭，但在武警到来之前，从永隆大酒店到东岳山路、东方大道、中山路等方向的马路被民众堵塞，市民并无恐慌气氛，武警赶到时，民众继续与武警发生冲突，有民众向武警投掷石块和酒瓶，但因力量对比变化，冲突较此前有所减弱，不断有现场民众被武警及便衣警察抓走，半个多小时的行动过后，到达永隆大酒店的部分武警和提前混入人群的便衣警察未能成功将永隆大酒店门口的人群驱散，武警用喇叭喊话后，鸣枪示警，然后趁机将酒店门口的人群清空，现场未发生大规模冲突，但民众不肯散去，目前仍有几千人聚集在酒店附近，便衣警察看到打电话的人就可能抓走。而在酒店现场外围的中山路，由于民众堵路，许多武警车辆无法通过，只好撤离。到达酒店的武警只是一部分，但持有枪支。
目前，涂远高的尸体仍在永隆大酒店内一楼，武警试图接近，由于涂远高的家人誓死阻拦，未能成功，涂远高尸体仍由其奶奶看护。
许多通过网络了解到石首事件的网友想赶往石首观察事态，有石首市民介绍，湖北境内通往石首的道路有下面几条：一条是从石首江北（潜江方向）过江，但是没有长江大桥，雨雾天气不摆渡；另一条是从荆州市的长江大桥过江，经公安到石首；第三条是坐火车到岳阳后，转乘汽车去石首。另外，网友也可以选择从湖南常德去石首。目前进城的路大都设卡检查，需设法绕过检查站才能进城。